Se conocen a la crisis de 1640 a una serie de conflictos peninsulares y otros de carácter extrapeninsular. Entre los conflictos internos, provocados por las tensiones entre Corona y reinos y por una acusada presión fiscal, deben reseñarse los siguientes: motines de Vizcaya contra la leva de soldados y el estanco de la sal (1630-1631); la rebelión de los catalanes (1640-1652); la rebelión de Portugal y su posterior separación (1640-1668); la conspiración andaluza (1641), dirigida por el marqués de Ayamonte con la pretensión de coronar al duque de Medina-Sidonia; la conspiración de Miguel de Itúrbide en Navarra (1646); y la supuesta conspiración promovida en Aragón por el Duque de Híjar (1648).
Conflictos Extrapeninsulares
Los conflictos extrapeninsulares, además del que se produce en los Países Bajos, aparecen debido a la miseria, el hambre o la presión fiscal, como sucede con los de Palermo, Salemo, Pulla, Calabria y Nápoles, todos ellos entre 1646 y 1648 a causa de los nuevos impuestos. Las dos rebeliones más importantes por su duración y su localización geoestratégica fueron: la rebelión catalana y la
revuelta portuguesa. En el fondo de ambas latía una cuestión del respeto a la autoridad.
Crisis en Cataluña
Tras el estallido de la guerra con Francia en 1635, el condeduque intentó forzar en 1637 la participación de tropas catalanas en la campaña de Leucata. Desde entonces se van a producir diversos incidentes y la cada vez menor sintonía entre Madrid y Barcelona. La presión fiscal, el alojamiento de soldados y los obstáculos institucionales del Principado incrementaron las tensiones que estallarían el día del Corpus Christi (Corpus de Sangre, el 7 de junio), que terminaron con la muerte del virrey, el marqués de Santa Coloma. La Diputación y el Consejo municipal se hicieron cargo del gobierno de Cataluña y de la ciudad. En la asamblea o Junta de Brazos establecida se sitúa al frente el canónigo de La Seo d’Urgel, Pau Claris, diputado por el brazo eclesiástico que apelaría al apoyo de Francia. Con la invasión de Cataluña (31 de julio de 1640) por el condeduque, tras fracasar los llamamientos pacíficos, se extiende el conflicto a todo el Principado (Guerra deis Segadors, 1640-1652).
En Cataluña, se estableció una administración francesa a partir de los virreyes nombrados desde París. Los frentes de guerra abiertos, sin solución, hicieron que Felipe IV tomase la decisión de apartar a Olivares del valimiento y tomar por sí mismo las riendas del poder a partir de 1642. Cataluña regresará a la monarquía española en 1652 tras la toma de Barcelona por parte de don Juan José de Austria.
Crisis en Portugal
Para entender la revuelta portuguesa debemos remontarnos algo más en el tiempo. Si con la llegada al poder de Olivares, con Felipe IV, se producía un reforzamiento de la política centralista, el reino de Portugal, incorporado a la Monarquía española en 1580, ya había mostrado su rechazo a la política centralista de Olivares desde comienzos de la década de 1630. La Secesión tenía sus orígenes, fundamentalmente: en la divergencia de los intereses portugueses y españoles, que se notaban de forma especial en las colonias; en la elevación de la política contributiva (expresada en la Unión de Armas); y, también, en la falta de representación de Portugal en la política de la monarquía hispánica. El 1 de diciembre de 1640 estallaba una insurrección en Lisboa, así como en el resto del país. La guardia castellana era atacada, Vasconcelos muerto y la virreina, Margarita de Saboya conducida a la frontera. El 28 de enero de 1641, el duque de Braganza, apoyado por un clero nacionalista y gran parte de la nobleza era proclamado rey, con el título de Juan IV Portugal alcanzaría acuerdos con Francia (1641), Holanda (1641) e Inglaterra (1642), que la apoyarían en su largo conflicto con España hasta conseguir su independencia (1668).
